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Bercher est connu sous le nom de de Berchiaco en 1154.

Au Moyen Âge, Bercher est le centre d'une seigneurie incluant plusieurs village des environs, qui est une possession des sires de Cossonay puis de l'évêque de Lausanne. La seigneurie change plusieurs fois de propriétaire avant que Berne l'érige en baronnie en 1712.

Le vieux château est démoli entre 1658 et 1732 et le château actuel est bâti à la fin du xvii^e siècle. Bercher fait partie du bailliage d'Yverdon à l'époque bernoise, puis du district d'Yverdon de 1798 à 1803, du district de Moudon jusqu'en 1960, du district d'Échallens jusqu'en 2007 et du district du Gros-de-Vaud depuis 2008.

Jusque dans la seconde moitié du xx^e siècle, l'économie locale était principalement tournée vers l'agriculture, l'arboriculture fruitière et l'élevage qui ne jouent plus qu'un rôle mineur dans l'emploi local de nos jours. Depuis le xiv^e siècle, un moulin et une forge sont attestés sur le cours de la Mentue.

En 1880, la commune connait un premier développement important avec la création d'une fabrique de lait condensé par l'entreprise Nestlé ; cette usine a fonctionné jusqu'en 1921. Bercher a ensuite vu la création de plusieurs entreprises, dans les domaines du transport, de l'horticulture, des ateliers mécaniques ; la commune compte également un entrepôt de céréales ainsi que de nombreuses autres petites entreprises.

Dans les dernières décennies, le village a connu un nouveau développement avec la création de zones résidentielles habitées par des personnes travaillant principalement dans les régions lausannoise et d'Yverdon-les-Bains.